La historia de Chontaduro comienza con la presencia de un grupo de personas que se asentaron en este lugar y sus alrededores desde la época primitiva, cuyos aborígenes al desocupar estas tierras por diversas razones, dieron paso, más tarde, en plena conquista y colonización española, a que vinieran otros pobladores a hacerse cargo de estos lindos parajes y, una vez que pasaron los años, llegando la época republicana, decidieron bautizar a este pueblo con el nombre de recinto “La Torre”, aunque más adelante, por razones del nombre del río que desemboca en el Rioverde, le cambiaron por el nombre de Chontaduro, aunque también es verdad que deba a que en este sitio habían muchas plantas de Chontaduro, cuyo fruto es muy delicioso y nutritivo. Casi todas las vegas estaban llenas de esta planta alimenticia, especialmente en donde tienen actualmente su propiedad los hermanos Lemos.
La educación fue el factor preponderante en el desarrollo de Chontaduro, porque como producto de la necesidad de educar a la niñez demandada por los moradores, el Señor Leónidas Castillo, propietario de la hacienda Chontaduro, en el año 1906, con sus propios recursos procedió a la construcción de una escuela en los terrenos del señor Marcelino Plaza, los que en día de hoy pertenecen a los hermanos Lemos. Correspondió al Señor Leónidas Toledo ser su primer profesor, quien daba clases solo a los niños varones, porque en esa época las mujeres no podían acceder a las aulas conjuntamente con varones. Esta escuela funcionó por el lapso de 5 años.
Como la educación no podía detenerse, nuevamente el Señor Leónidas Castillo, en el año 1911, construye dos escuelas, llegando a ellas dos profesores, el señor Arturo Hidalgo, encargado de la educación de los varones y la señora Adelaida Jurado que atendía a las mujeres. Desgraciadamente estas dos escuelas tuvieron que ser suspendidas debido al estallido de la Guerra de Concha que comenzó en el año 1912 y que duró por espacio de cuatro, período en que murió el señor Leónidas Castillo. Sin embargo, en el año 1918/1919 se abre una nueva escuela siendo profesora de la misma Clarinda Jurado, plantel que por motivos desconocidos fue trasladado al recinto La Colombia, pero por diversas gestiones de los moradores la misma retorna su lugar donde fue creada, llegando como profesor el señor N. Grueso quien, junto a otros profesores, dieron clases en Chontaduro hasta el año 1950. El local de esta escuela se deterioró y, viendo sus malas condiciones, el señor Faustino Cuero, con sus propios recursos, se preocupó en construir un nuevo plantel que fue ubicado frente a la cancha, precisamente donde vivió el señor Segundo Valencia.
En el año 1954 llega como profesor a Chontaduro el señor Hoover Mojarrango, de quien la comunidad guarda gratos recuerdos, porque desde su inicio él se caracterizó por ser un coordinador y orientador de este pueblo, el mismo que vivió por espacio de 18 años en esta tierra chontadurense. Pues, por su apego a la gente y su liderazgo posibilitó la construcción de varias obras básicas, entre las que se destacan la casa del maestro, la Tenencia Política; pero, lo que más sobresalió en el año 1964 fue la construcción de un local escolar de excelentes condiciones, es decir muy bonito y pedagógicamente bien concebido, que se distinguía de los demás de la zona, con lo que se distinguió Chontaduro entre los pueblos del sector.
Este local escolar fue construido por el señor Marcial Lemos, quien se desempeñaba como carpintero mayor, asistido por personas que se dedicaban a la tala y preparación de la seleccionada madera que era extraída de las fincas de Faustino Cuero, Marcial Lemos y don Julio Estupiñan, a quienes se sumó un grupo de valiosas mujeres lideradas por la matrona chonta dúrense Virgilia Aurelia Quintero Arroyo.
Muchos planes tenía en mente a favor de Chontaduro el señor profesor Hoover Mojarrango, pero no los logró hacer realidad porque desde la Dirección de Educación de Esmeraldas recibió la orden de traslado a la escuela “Antonio Ricaurte” del recinto San Vicente.
Después del profesor Hoover Mojarrango, le correspondió al señor Carlos Vicente Tobar ponerse al frente de la escuela hasta el año 1969, continuando al frente de la misma el señor Luis Fernando Andino León desde el año1970, siendo reemplazado en el año 1971 por el Licenciado Joffre Quintero Arroyo, el que manejó el plantel por el lapso de 12 años, quien logró ampliar la infraestructura y la oferta educativa con la implementación del Ciclo Básico que comenzó a funcionar como una institución separada de la escuela Santiago Zamora que dirigía el profesor Quintero Arroyo, es decir como colegio de Ciclo Básico, el que, en el año 2000, por acto de mala fe contra los intereses de Chontaduro, fue trasladado a la ciudad de Atacames. Sin embargo, luego de ello, la escuela Santiago Zamora, por decisión ministerial, pasó a ser la escuela central del Centro Educativo Matriz, con 10 años de educación básica, a lo que más tarde se sumó la creación del bachillerato.
Se cuenta también el funcionamiento del Centro de Desarrollo Infantil (CDI), lo que rige educativamente hasta la actualidad en la cabecera parroquial de Chontaduro.
Luego que a escuela y la Tenencia Política ya habían cumplido con un gran papel y por el avance de la población, ya con sus pocas calles delineadas, comienza a fomentar el tema de la parroquialización, asunto que comienza a acordarse desde el año 1957 y, ya de manera más organizada, siendo coordinador el señor Demelis Valencia se proponen hacer gestiones ante los organismos pertinentes que eran Consejo Provincial, Concejo Municipal y la Gobernación.
Como Alcalde estaba don Jorge Chiriboga Guerrero, en cuya administración se aprobó la solicitud de parroquialización de Chontaduro, la misma que pasó al Consejo Provincial y luego al Ministerio de Gobierno, para finalmente, después de 4 años de gestiones, obtener esta ansiada parroquialización, es decir en el año 1961, siendo Presidente de la República el Dr. José María Velasco Ibarra.
Por las consideraciones precedentes el Concejo Cantonal de Esmeraldas a los 15 días del mes febrero de 1960, siendo Alcalde Jorge Chiriboga Guerrero, crea “la parroquia rural Chontaduro, circunscrita en los siguientes linderos: por el Sur la margen izquierda del estero Paufí, que desemboca en el Rioverde y la margen derecha del estero Chazara que desemboca en el mismo estero; el Olivo estero que desemboca en el Rioverde y la margen derecha del estero Taniche que desemboca en el mismo río. Por el Este, los linderos de la parroquia Rocafuerte, y por el Oeste, los linderos de la parroquia Camarones. La cabecera de la nueva parroquia será el recinto Chontaduro”. Esta ordenanza aprobada pasó a Quito donde fue aprobada por el Ministerio de Gobierno con Acuerdo N° 731 de 13 de mayo de 1961 y publicada en el Registro Oficial N° 215 del 16 de mayo de 1961.